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柬埔寨自2008年起，以哌喹(piperaquine)及青蒿素(artemisinin)合併使用做為對抗瘧疾的主要療法，此兩種藥物的合用亦為現今少數對多重抗藥性瘧疾(multi drug-resistant malaria)仍有效的治療之一。然而根據《The Lancet Infectious Diseases》刊登美國國家過敏與感染疾病研究所(National Institute of Allergy and Infectious Diseases)的最新研究，柬埔寨部分地區的瘧疾帶源原蟲(Malaria-carrying parasites)，對此種東南亞瘧疾主要用藥已出現抗藥性。作者於2012年9月至2013年底，招募241位年齡介於2-65歲的瘧疾病患，並在3天的標準給藥(dihydroartemisinin–piperaquine)程序後持續監測病患周邊血中的瘧疾原蟲密度，結果發現部分地區的病患出現惡性瘧原蟲(Plasmodium falciparum)復發的情形。作者表示，應該盡快測試包括青蒿琥酯(artesunate)及美爾奎寧(mefloquine)等其他替代療法。